Berawal dari pemberontakan Ronggolawe Tuban terhadap Raja Majapahit ,seorang prajurit Tuban bernama Raden Singodiwongso mengungsi keselatan bersama teman-temannya bertemu dengan Raden Wonokerto,kakak bupati madiun K.R.Papak.

Pertemuan tersebut sepakat untuk membuka/membabat/menebang hutan untuk bermukim.setelah babatan hutan selesai diadakan pertemuan dan sepakat memberikan nama sebuah Desa ‘Babadan”dilanjutkan pembagian tugas yang menjadi lurah Raden Wonokerso,namun ditolak karena masih ada tugas yang diemban oleh bupati akhirnya sepakat R.Singodiwongso yang mengemban tugas menjadi lurah desa tersebut (Lurah pertama desa Babadan) ,makamnya diabdikan dengan cungkup alang-alang sampai sekarang.

Raden nolo Salah satu pengikut R singodiwongso mengemban tugas dibidang budaya dan agama islam. Turun temurun R Singodiwongso menjadi pemimpin Desa  Babadan dan Ki Nolo turun temurun  mengemban budaya dan agama sampai sekarang.

Adapun Desa Babadan terdiri dari tujuh dusun yang mempunyai sejarah bahwa konon :

1.Dusun nganti : untuk babat hutan dimulai disuatu tempat pertemuan sambil menanti (Jw .Ngenteni ) teman-temannya akhirnya disebut dusun nganti.

2.Dusun Loran : Membabat hutan dimulai sebelah utara ( Jw.Lor) akhirnya disebut dusun loran

3.Dusun Tengahan : Membabat hutan sudah sampai dibagian tengah akhirnya disebut dusun tengahan.

4.Dusun Gerung : Membabat hutan mendengar suara harimau yang mengaung (Jw.Gerung-gerung ) akhirnya disebut dusun gerung.

5.Dusun kasren :Membabat hutan istirahat ditempat yang asri akhirnya disebut dusun kasren.

6. Dusun Nguluh : Membabat hutan bambu uluh (Jw.Pring nguluh) akhirnya disebut dusun nguluh.

7. Dusun kaligandri : Membabat hutan pepohonan gandri diseberang sungai ( Jw.Kali dan Gandri )akhirnya disebut kali gandri.

Sejarah para kepala desa yang pernah memimpin Desa babadan berdasarkan urutan kepemimpinannya:

1. Singodiwongso

2. Condrodiwongso

3.Singodrono

4. Ponco Taruno

5. Djoikromo

6. Sagung

7. Poncodrono

8. Karto Ikromo

9. H. Tarmadi

10. Ponco Ikromo (Karan Lurah Beleh/Nganti)

11.Karso Rejo (Karan Lurah Minggat)

12. Imam Astro

13. Wongso Sentono

14. Purwosentono

15. Drs. Marsis

16. Djoko Suhodo,S.Pd

17. Lasirin